La prima decade di Giugno è ancora caratterizzata dalla mancanza dell'alta pressione delle Azzorre sul Mediterraneo. Alcune deboli perturbazioni interessano l'Italia settentrionale e una circolazione depressionaria si installa sui Balcani mantenendo tempo instabile e temporalesco. Temporali particolarmente forti il giorno 9 con nubifragio a Rescaldina-Saronno e alcune grandinate. La pioggia cumulata nella prima decade già raggiunge i 140 mm attesi per tutto il mese.
La seconda decade, fino al giorno 18, è caratterizzata dall'allungamento dell'alta pressione atlantica verso l'Islanda. Le perturbazioni che interessano la regione alpina scendono quindi da Nord e portano aria più fresca con temperature sotto la media che nei giorni 15 e 16 non salgono oltre i 14 gradi. Ancora piogge, anche se meno temporalesche, fino al giorno 17.
Finalmente arriva l'alta pressione delle Azzorre su Mediterraneo che diviene via via più africana e calda dopo il giorno 20. Nella terza decade le temperature massime a Varese non scendono mai sotto 30 gradi. A fine mese l'anticiclone lascia sull'Europa un campo di pressioni livellate e transitano alcune linee temporalesche. Forte temporale il 26 sul N-Verbano. A Varese il giorno 29 con allagamenti in viale Europa e rami strappati a causa del vento, misurato a CGP fino a 50 Km/h.
Con le piogge di Giugno, nei primi 6 mesi del 2008 il surplus idrico ammonta a 480 mm.